菏泽城是一个英雄的城市，有着光荣的革命历史。尤其是在1945年11月至1946年9月、1948年10月至1949年9月，两度成为冀鲁豫边区的首府，它在冀鲁豫边区的革命史中占有重要地位。
1945年10月29日，菏泽城解放。11月初，冀鲁豫区党委、冀鲁豫行署、冀鲁豫军区机关由黄河北迁入菏泽城。从此，菏泽城成了冀鲁豫边区的首府和政治、经济、文化中心。
这时，冀鲁豫区的主要领导人是：冀鲁豫区党委书记兼冀鲁豫军区政治委员张霖之，1945年11月22日张玺继任；冀鲁豫行署主任徐达本，1946年4月段君毅继任；冀鲁豫军区司令员杨勇，1945年11月22日王秉璋继任。冀鲁豫全区辖6个地委、专署和军分区。
为了适应菏泽城边区的首府地位，1946年2月4日设立了菏泽市（地区级）。直属冀鲁豫区党委、行署领导。刘镜西任市委书记，赵效三任市长，全市下辖5个区。这是现代以来菏泽第一次设市，它标志着菏泽开始跻身于中等城市的行列。
随着菏泽文化事业的繁荣，1945年12月22日，《冀鲁豫日报》社在菏泽召开全区通讯员代表大会。会议明确了为群众、写群众、群众写的办报方针，有力地推动了边区新闻事业的发展。接着，成立了冀鲁豫边区民间艺术联合会，创办了《新地》、《平原文艺》两种文艺刊物和《冀鲁豫画报》。冀鲁豫边区行署直属的民友剧团、友谊剧团和军区文工团、第7纵队的文艺团体，经常在鲁西南地区巡回演出，大大丰富了解放区人民的文化生活。1946年2月23日，冀鲁豫建国学院成立，校址在原省立六中旧址，这是菏泽设立的第一个高等学校。学校下设行政干训部、师训部、专门职业部3个部，设有财务行政、司法、银行会计、师范、电话、汽车、新闻研究、电报电话等专业，全校师生一度达2000多人。1946年上半年菏泽市境内的职业学校还有：设于菏泽城西典当街的冀鲁豫邮政干部学校，设于郓城县辛集的冀鲁豫军区供给学校，设于菏泽孔楼的冀鲁豫行署卫生学校。7月，区党委在菏泽恢复党校。菏泽市带动着全边区文化教育事业的迅速发展。
1946年6月，全面内战爆发。7月7日，冀鲁豫区党政军民在菏泽市隆重举行“七七”纪念大会。张玺、段君毅、潘复生等出席大会。张玺号召全区党政军民立即行动起来，搞好生产，做好战争准备，坚决反击国民党反动派的进攻。大会通电全国人民，反对内战，争取和平。会后，菏泽市掀起了抗议蒋介石发动内战，反对美国干涉中国内政的万人签名运动。
7月20日，为保障解放军在冀鲁豫战场作战，晋冀鲁豫军区在菏泽市成立了晋冀鲁豫军区后方战勤总指挥部，段君毅任司令员，赵健民任政治委员。各专署成立了分指挥部，由专员兼任分指挥部司令员。各重要村镇设立了兵站。
9月3日，刘伯承、邓小平率晋冀鲁豫野战军发起定陶战役。战役之后，国民党军由定陶继续向北进犯，冀鲁豫区党委、行署、军区机关于9月13日和15日主动撤离菏泽市。
此后，鲁西南地区成为解放军和国民党军队的重要战场。晋冀鲁豫野战军于9月29日发起巨野战役，10月29日发起鄄南战役，1947年1月发起巨金鱼战役，6月30日，发起鲁西南战役。9月7日，华东野战军发起沙土集战役。邓小平曾深情地说：“冀鲁豫是个好战场，到哪里都有饭吃，都有翻身农民的支援。”
1948年9月30日， 慑于解放军解放济南的强大威力，国民党菏泽守军第181旅及地方部队弃城南逃，菏泽重获解放。10月1日至10日，冀鲁豫区党委、行署、军区机关再次移驻菏泽城内。11月12日，根据华北人民政府通令，冀鲁豫行署改称为冀鲁豫行政公署，潘复生任行政公署主任，贾心斋、韩哲一任副主任。据当年12月冀鲁豫区划、人口及党的组织统计，全区共辖61个县，463个区，30549个村；人口11557183人；共有党支部10380个，党员172687人，其中女党员39154人，青年党员39771人。
冀鲁豫行署迁入菏泽后，为加强解放区的政治、经济和文化建设，先后发出了关于土地改革、参军支前、开办冬学、整顿和建立农村剧团、加强知识分子工作等一系列指示。指出：“我区已获得相对安全的环境，即将有计划、有步骤地进行各项建设工作。”
1948年12月15日，行政公署在菏泽城内召开有126人参加的城乡知识分子青年学生座谈会，以团结广大知识分子投身于解放区建设事业。同月28日，冀鲁豫区学生代表大会在菏泽召开，会议选举成立了全区学生联合会，统一了对学生工作的领导。1949年2月5日,冀鲁豫区妇女代表大会在菏泽召开。会议选出了出席全国妇女代表会议及出席华北妇女代表会议的代表，改选了冀鲁豫区妇联领导机构，讨论和明确了妇女工作的方针。4月8日，冀鲁豫区第一次职工代表大会在菏泽召开。会议传达了第六次全国劳动大会决议，成立了冀鲁豫区职工总会，选举了出席华北职工代表大会的代表，讨论和明确了职工运动的方针。
1949年元旦这天，菏泽全城悬灯结彩，高塔彩坊，各商店铺户也换上了“公私兼顾支援前线，劳资两利增加生产”的新对联，呈现出一片新气象。当日，冀鲁豫区党政军民各界近2万人，在南华公园广场上举行了庆祝新年迎接全国胜利大会。会后举行了盛大游行，一时锣鼓宣天，秧歌、高跷、花棍等各种民间文艺表演精彩纷呈，各街道人山人海，热闹非常。民友剧社、战友剧社、边区第一中学、文工团等从31日开始轮流举行了公演。
1949年2月8日，《冀鲁豫日报》一篇《春节的菏泽在欢腾着》的文章报道说，除夕之夜，许多商民通宵没睡，进行娱乐、放鞭炮，庆祝解放后第一个除夕之夜。大年初一清晨，大街小巷都是穿着崭新衣服的青年男女、老翁、老太太、小孩，他们来来往往互相拜年问好。行署、军直等机关的秧歌队和高跷队，在万人喝彩声中，沿街进行表演。入夜，冀鲁豫文工团出演《拜年》、《团圆》等戏剧。此后数日，全城商民及军政各机关人员，都浸在欢腾鼓舞的气氛中。
冀鲁豫区党委、行政公署十分重视发展解放区的教育事业。据统计，1949年上半年全边区共有各类小学8654所，学生427500余人。中等学校21所，教职员255人，学生3155人。同时，职业和业余教育得到迅速发展，区党委和行政公署开办了工农干部学校、机关学校、知识分子训练班；农村和城镇开办了民校、冬学、工人市民补习班、夜校等。
1949年3月，区党委、行政公署、军区于2月下旬组成冀鲁豫南下支队，由军区参谋长傅家选任司令员，区党委副书记徐运北任政治委员，区党委宣传部长申云浦任副政治委员兼政治部主任，区党委秘书长万里任参谋长，区党委组织部部长郭超任政治部副主任。全支队共6000余人，其中南下干部近4000人。经过组编、训练，于2月28日在菏泽城南晁八寨举行誓师大会，3月底整装南下。冀鲁豫南下支队先后接管了南京市、赣东北和贵州全省。冀鲁豫边区对全国的解放事业做出了巨大贡献。
1949年8月20日，平原省在新乡成立，冀鲁豫区党委、行政公署、军区撤销。菏泽城就此完成了它作为冀鲁豫区首府的历史使命。然而，菏泽城两度作为冀鲁豫边区的首府，它对中国人民的革命事业做出了重要的贡献。菏泽城的光荣历史，是菏泽人民的骄傲。
